Description in Portuguese bellow.
This is an experiment I made with Prof. Diego Enry during a Scientific Initiation work as a member of GET Computational Engineering at the Federal University of Juiz de Fora (UFJF).
This assay is part of the study of molecular docking, also known as molecular docking, for its use in the search for drug candidates against SARS-CoV-2, the main protease of COVID-19. In this context, in order to study the influence of parameters available in docking programs, several molecular docking experiments were performed based on the PDBbind coreset database, version 2013 (Wang et al. 2019).
The influence of parameters on docking with QuickVina 2
In this notebook, the results of the primary assay are presented. Several molecular docking simulations were ran for different protein-ligand complexes, each one ran with a different parameter using QuickVina 2.
The results of the experiment ran with local optimizations of the ligand are presented here. Different scoring functions are evaluated and the obtained data are compared with experimental values in vitro.
In this last notebook, I present the re-scoring result of different scoring functions after redocking the conformers generated in the first assay using QuickVina 2.
Minyi Su, Qifan Yang, Yu Du, Guoqin Feng, Zhihai Liu, Yan Li,* Renxiao Wang,* "Comparative Assessment of Scoring Functions: The CASF-2016 Update," J. Chem. Inf. Model, 2019, Vol. 59: pp 895-913.
Este é um experimento que conduzi com o Prof. Diego Enry durante um trabalho de Iniciação Científica como membro do GET Engenharia Computacional na Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF).
Este ensaio faz parte do estudo da atracagem molecular, também conhecida como docking molecular, para seu uso na busca de candidatos a fármacos contra a SARS-CoV-2, a protease principal da COVID-19. Nesse contexto, com o objetivo de estudar a influência de parâmetros disponíveis em programas de docking, foram realizadas vários experimentos de atracagem molecular com base no banco de dados PDBbind coreset, versão 2013 (Wang et al. 2019).
A influência dos parâmetros no docking com o QuickVina 2
Neste notebook, são apresentados os resultados do ensaio primário, em que foram conduzidas simulações de docking molecular para diferentes complexos proteína-ligante, cada qual realizada com parâmetros variados utilizando o programa QuickVina 2.
Aqui, encontram-se os resultados de um experimento no qual foram realizadas otimizações locais do ligante na sua protéina correspondente. Assim, são avaliadas diferentes funções de pontuação e os dados obtidos são comparados com os valores experimentais in vitro.
Neste último notebook, são interpretadas as repontuações de diferentes funções de pontuação após simulações de redocking dos resultados do primeiro ensaio, utilizando o QuickVina 2.
Minyi Su, Qifan Yang, Yu Du, Guoqin Feng, Zhihai Liu, Yan Li,* Renxiao Wang,*, "Comparative Assessment of Scoring Functions: The CASF-2016 Update", J. Chem. Inf. Model, 2019, Vol. 59: pp 895-913.