diff --git a/.travis.yml b/.travis.yml index 911ebc7..77cb01b 100644 --- a/.travis.yml +++ b/.travis.yml @@ -7,10 +7,11 @@ python: cache: - pip install: - - pip install networkx numpy + - pip install networkx numpy script: - - unzip -q referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d referencePathways/reactome - cd scripts + # Installs pgd, uses graph conversion script, and runs PPA + - bash runPPA.sh ../data/Wnt wnt_ranking.txt - bash runNetBoxIL2.sh # Compare the generated IL2 output with the reference output - cmp ../tests/reference/il2_ranking.txt il2_ranking.txt diff --git a/README.md b/README.md index 84a09c7..8a34e4e 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -5,7 +5,9 @@ Parameter advising for biological pathway creation algorithms. ## Dependencies -Pathway parameter advising was written and tested using Python 3.6 and requires the packages `networkx` and `numpy`. +Pathway parameter advising was written and tested using Python 3.6 and requires the packages `networkx` and `numpy`. +The `runPPA.sh` and `setupPGD.sh` scripts require git. +These scripts have only been tested in a Linux environment initially. ## Usage @@ -33,11 +35,23 @@ Arguments: ## Example +`scripts/runPPA.sh` runs pathway parameter advising on any set of sif or edgelist networks. +It will attempt to install the pgd library and setup the reactome pathway graphlets automatically. +The following commands will run `runPPA.sh` with the included `Wnt` and `Prolactin` datasets from the `scripts` directory: + +> `bash runPPA.sh ../data/Wnt wnt_ranking.txt` +> +> `bash runPPA.sh ../data/Prolactin prolactin_ranking.txt` + `scripts/runNetBoxIL2.sh` runs pathway parameter advising for the precomputed graphlet files for NetBox IL2 pathways using Reactome reference pathways. It must be run from the `scripts` directory. Unzip the Reactome pathway graphlets file `reactomeGraphlets.zip` before running the example script. -## Graphlet Creation +## Graphlet Creation Graphlet decomposition files are created with the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). -Files are the piped output from the pgd script: `./pgd inputGraphFile >> graphletOutputFile.gOut`. +Files are the piped output from the pgd script: `./pgd -f inputGraphFile >> graphletOutputFile.gOut`. + +`scripts/setupPGD.sh` installs the PGD library into the `lib` directory, which is created if none exists. +PGD is cloned from its [github repository](https://github.com/nkahmed/pgd) and complied using `make`. +It can then be run from the base pathway-parameter-advising directory as `lib/pgd/pgd -f inputGraphFile`. diff --git a/data/IL2/README.md b/data/IL2/README.md index 5563b17..33180bf 100644 --- a/data/IL2/README.md +++ b/data/IL2/README.md @@ -1,7 +1,7 @@ # IL2 -This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath IL2 pathway](netpath.org/pathways?path_id=NetPath_14 "NetPath IL2 Pathway") from a 30% sample. +This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath IL2 pathway](http://netpath.org/pathways?path_id=NetPath_14 "NetPath IL2 Pathway") from a 30% sample. Pathways were generated using [NetBox](http://sanderlab.org/tools/netbox.html "NetBox Homepage") over a parameter sweep of the `p` parameter and are provided in .sif format. -Graphlet files are the output from the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). Files are the piped output from the pgd script. \ No newline at end of file +Graphlet files are the output from the [Parallel Graphlet Decomposition library](http://nesreenahmed.com/graphlets/). Files are the piped output from the pgd script. diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-10.sif b/data/IL2/pathways/p1e-10.sif index 7a39bae..de47474 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-10.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-10.sif @@ -1,159 +1,159 @@ -1 2 -1 3 -1 6 -1 8 -1 9 -1 10 -1 13 -1 14 -1 16 -1 24 -1 25 -1 26 -1 27 -1 28 -2 3 -2 5 -2 6 -2 8 -2 9 -2 10 -2 11 -2 12 -2 13 -2 14 -2 16 -2 20 -2 21 -2 24 -2 25 -2 26 -2 27 -2 28 -3 6 -3 8 -3 9 -3 10 -3 11 -3 21 -3 22 -3 25 -3 27 -4 9 -4 13 -4 21 -4 24 -4 25 -4 26 -4 28 -5 7 -5 8 -5 9 -5 13 -5 16 -5 20 -5 21 -5 25 -5 26 -5 27 -5 28 -6 8 -6 9 -6 12 -6 14 -6 16 -6 21 -6 24 -6 25 -6 27 -7 10 -7 19 -7 20 -8 9 -8 10 -8 11 -8 12 -8 13 -8 16 -8 24 -8 25 -8 26 -8 27 -8 28 -9 10 -9 11 -9 12 -9 13 -9 16 -9 20 -9 21 -9 22 -9 24 -9 25 -9 26 -9 27 -9 28 -10 12 -10 13 -10 16 -10 19 -10 20 -10 24 -10 25 -10 26 -10 27 -10 28 -11 13 -11 16 -11 21 -11 24 -11 25 -11 26 -11 28 -12 16 -12 19 -12 21 -12 24 -12 25 -13 15 -13 16 -13 17 -13 20 -13 25 -13 26 -13 27 -13 28 -14 15 -14 16 -14 18 -14 19 -14 24 -15 26 -15 19 -15 28 -16 20 -16 21 -16 22 -16 25 -16 26 -16 27 -16 28 -17 26 -19 20 -20 25 -20 26 -20 27 -20 28 -21 22 -21 24 -21 25 -21 27 -23 26 -24 25 -24 27 -25 26 -25 27 -25 28 -26 27 -26 28 -27 28 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +IL2RG_HUMAN ETS1_HUMAN +AKT1_HUMAN P85A_HUMAN +P85B_HUMAN IRS1_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK1_HUMAN +IRS1_HUMAN L7RT18_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +L7RRS6_HUMAN JAK1_HUMAN +SHB_HUMAN IL2RG_HUMAN +P85B_HUMAN SHC1_HUMAN +SHC1_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +IRS1_HUMAN PK3CA_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK1_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +IRS2_HUMAN P85A_HUMAN +SHB_HUMAN GAB1_HUMAN +IRS2_HUMAN JAK1_HUMAN +JAK1_HUMAN SHC1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +JAK3_HUMAN JAK1_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +PTN11_HUMAN AKT1_HUMAN +CBL_HUMAN L7RT18_HUMAN +PTN11_HUMAN GAB1_HUMAN +IL2RG_HUMAN JAK1_HUMAN +GAB1_HUMAN PK3CA_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +SHC1_HUMAN IL2RG_HUMAN +PTN11_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN IL2RG_HUMAN +CRKL_HUMAN SHC1_HUMAN +GAB1_HUMAN P85B_HUMAN +IRS1_HUMAN IRS2_HUMAN +P85A_HUMAN IRS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +JAK1_HUMAN SOS1_HUMAN +PK3CA_HUMAN PTN11_HUMAN +IL2RG_HUMAN L7RRS6_HUMAN +IRS2_HUMAN PTN11_HUMAN +CRKL_HUMAN PTN11_HUMAN +PTN11_HUMAN Q14342_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PTN11_HUMAN IRS1_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +IL2RG_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN PTN11_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +SHC1_HUMAN A1L4K2_HUMAN +P85A_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +IRS1_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +GAB1_HUMAN L7RT18_HUMAN +GAB1_HUMAN AKT1_HUMAN +P85A_HUMAN L7RRS6_HUMAN +Q14342_HUMAN IL2RG_HUMAN +IL2RG_HUMAN IRS2_HUMAN +P85A_HUMAN JAK1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +CRKL_HUMAN L7RT18_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RT18_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +L7RT18_HUMAN IRS2_HUMAN +IL2RG_HUMAN PK3CA_HUMAN +GAB1_HUMAN CRKL_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +CRKL_HUMAN P85A_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +SHC1_HUMAN IRS1_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +JAK3_HUMAN IRS1_HUMAN +IL2RG_HUMAN IRS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +GAB1_HUMAN P85A_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN SOS1_HUMAN +IL2RG_HUMAN PTN11_HUMAN +P85A_HUMAN PK3CA_HUMAN +P85B_HUMAN CRKL_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK3_HUMAN +A1L4K2_HUMAN P85A_HUMAN +GAB1_HUMAN A1L4K2_HUMAN +SHB_HUMAN L7RT18_HUMAN +P85A_HUMAN Q14342_HUMAN +SHC1_HUMAN PTN11_HUMAN +PTN11_HUMAN L7RRS6_HUMAN +PK3CG_HUMAN GAB1_HUMAN +IRS2_HUMAN SHC1_HUMAN +HS90A_HUMAN GCR_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK3_HUMAN +L7RT18_HUMAN P85A_HUMAN +SHB_HUMAN JAK3_HUMAN +IRS1_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK1_HUMAN PK3CA_HUMAN +A1L4K2_HUMAN IRS1_HUMAN +SHB_HUMAN PK3CA_HUMAN +Q14342_HUMAN IRS1_HUMAN +PTN11_HUMAN P85A_HUMAN +IL2RG_HUMAN AKT1_HUMAN +GAB1_HUMAN SOS1_HUMAN +SHB_HUMAN P85A_HUMAN +CBL_HUMAN PK3CA_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +PTN11_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN A1L4K2_HUMAN +STA5B_HUMAN ETS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN CBL_HUMAN +GAB1_HUMAN SHC1_HUMAN +SHC1_HUMAN SOS1_HUMAN +A1L4K2_HUMAN L7RT18_HUMAN +PK3CA_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK1_HUMAN IRS1_HUMAN +JAK1_HUMAN AKT1_HUMAN +PK3CA_HUMAN A1L4K2_HUMAN +L7RT18_HUMAN PK3CA_HUMAN +SHC1_HUMAN AKT1_HUMAN +IRS1_HUMAN CRKL_HUMAN +L7RT18_HUMAN SHC1_HUMAN +CBL_HUMAN P85A_HUMAN +SHC1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK1_HUMAN ETS1_HUMAN +JAK3_HUMAN P85A_HUMAN +SOS1_HUMAN Q14342_HUMAN +IL2RG_HUMAN CBL_HUMAN +IL2RG_HUMAN P85A_HUMAN +PK3CA_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN IRS1_HUMAN +L7RT18_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN SOS1_HUMAN +PTN11_HUMAN A1L4K2_HUMAN +IRS2_HUMAN P85B_HUMAN +PK3CA_HUMAN SHC1_HUMAN +Q14342_HUMAN SHC1_HUMAN +PTN11_HUMAN STA5B_HUMAN +GCR_HUMAN Q14342_HUMAN +GAB1_HUMAN IRS2_HUMAN +PTN11_HUMAN JAK1_HUMAN +Q14342_HUMAN L7RT18_HUMAN +Q14342_HUMAN CBL_HUMAN +JAK3_HUMAN SHC1_HUMAN +JAK1_HUMAN CBL_HUMAN +AKT1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +SHC1_HUMAN STA5B_HUMAN +SHB_HUMAN JAK1_HUMAN +P85A_HUMAN SOS1_HUMAN +CBL_HUMAN SOS1_HUMAN +SHC1_HUMAN P85A_HUMAN +PTN11_HUMAN PK3CG_HUMAN diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-11.sif b/data/IL2/pathways/p1e-11.sif index eb65e38..7fc5847 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-11.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-11.sif @@ -1,52 +1,52 @@ -1 19 -1 11 -1 20 -2 5 -2 9 -2 11 -2 13 -2 15 -2 18 -2 19 -3 13 -3 5 -4 11 -5 7 -5 8 -5 9 -5 10 -5 11 -5 12 -5 13 -5 14 -5 15 -5 18 -6 11 -7 9 -7 18 -7 20 -8 9 -8 11 -8 14 -8 15 -8 17 -8 20 -9 11 -9 13 -9 15 -9 17 -9 20 -10 11 -10 13 -11 12 -11 14 -11 15 -13 15 -13 18 -14 17 -14 15 -15 18 -16 19 -17 20 -18 19 -19 20 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN SOS1_HUMAN +P85B_HUMAN CRKL_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK3_HUMAN +HS90A_HUMAN GCR_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN PK3CA_HUMAN +CBL_HUMAN PK3CA_HUMAN +CRKL_HUMAN A1L4K2_HUMAN +STA5B_HUMAN ETS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN L7RRS6_HUMAN +PK3CA_HUMAN A1L4K2_HUMAN +SOS1_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN AKT1_HUMAN +JAK3_HUMAN SOS1_HUMAN +IRS2_HUMAN P85B_HUMAN +GCR_HUMAN Q14342_HUMAN +Q14342_HUMAN CBL_HUMAN +AKT1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +CBL_HUMAN SOS1_HUMAN diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-12.sif b/data/IL2/pathways/p1e-12.sif index eb65e38..7fc5847 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-12.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-12.sif @@ -1,52 +1,52 @@ -1 19 -1 11 -1 20 -2 5 -2 9 -2 11 -2 13 -2 15 -2 18 -2 19 -3 13 -3 5 -4 11 -5 7 -5 8 -5 9 -5 10 -5 11 -5 12 -5 13 -5 14 -5 15 -5 18 -6 11 -7 9 -7 18 -7 20 -8 9 -8 11 -8 14 -8 15 -8 17 -8 20 -9 11 -9 13 -9 15 -9 17 -9 20 -10 11 -10 13 -11 12 -11 14 -11 15 -13 15 -13 18 -14 17 -14 15 -15 18 -16 19 -17 20 -18 19 -19 20 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN SOS1_HUMAN +P85B_HUMAN CRKL_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK3_HUMAN +HS90A_HUMAN GCR_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN PK3CA_HUMAN +CBL_HUMAN PK3CA_HUMAN +CRKL_HUMAN A1L4K2_HUMAN +STA5B_HUMAN ETS1_HUMAN +L7RRS6_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN CBL_HUMAN +PK3CA_HUMAN L7RRS6_HUMAN +PK3CA_HUMAN A1L4K2_HUMAN +SOS1_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN AKT1_HUMAN +JAK3_HUMAN SOS1_HUMAN +IRS2_HUMAN P85B_HUMAN +GCR_HUMAN Q14342_HUMAN +Q14342_HUMAN CBL_HUMAN +AKT1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +CBL_HUMAN SOS1_HUMAN diff --git a/data/IL2/pathways/p1e-13.sif b/data/IL2/pathways/p1e-13.sif index eb65e38..7fc5847 100644 --- a/data/IL2/pathways/p1e-13.sif +++ b/data/IL2/pathways/p1e-13.sif @@ -1,52 +1,52 @@ -1 19 -1 11 -1 20 -2 5 -2 9 -2 11 -2 13 -2 15 -2 18 -2 19 -3 13 -3 5 -4 11 -5 7 -5 8 -5 9 -5 10 -5 11 -5 12 -5 13 -5 14 -5 15 -5 18 -6 11 -7 9 -7 18 -7 20 -8 9 -8 11 -8 14 -8 15 -8 17 -8 20 -9 11 -9 13 -9 15 -9 17 -9 20 -10 11 -10 13 -11 12 -11 14 -11 15 -13 15 -13 18 -14 17 -14 15 -15 18 -16 19 -17 20 -18 19 -19 20 +IRS2_HUMAN JAK3_HUMAN +JAK3_HUMAN VILI_HUMAN +P85B_HUMAN Q14342_HUMAN +PK3CA_HUMAN IRS2_HUMAN +SOS1_HUMAN AKT1_HUMAN +ETS1_HUMAN GCR_HUMAN +PK3CA_HUMAN PK3CG_HUMAN +PK3CA_HUMAN P85B_HUMAN +Q14342_HUMAN A1L4K2_HUMAN +JAK3_HUMAN CBL_HUMAN +SOS1_HUMAN P85B_HUMAN +JAK3_HUMAN PK3CA_HUMAN +L7RRS6_HUMAN GCR_HUMAN +STA5B_HUMAN NMI_HUMAN +PK3CG_HUMAN P85B_HUMAN +L7RRS6_HUMAN HS90A_HUMAN +Q14342_HUMAN PK3CA_HUMAN +PK3CA_HUMAN SOS1_HUMAN +JAK3_HUMAN AKT1_HUMAN +AKT1_HUMAN HS90A_HUMAN +A1L4K2_HUMAN GCR_HUMAN +P85B_HUMAN CBL_HUMAN +CRKL_HUMAN STA5B_HUMAN +SOS1_HUMAN L7RRS6_HUMAN +JAK3_HUMAN ETS1_HUMAN +CRKL_HUMAN PK3CA_HUMAN +STA5B_HUMAN GCR_HUMAN +CBL_HUMAN STA5B_HUMAN +JAK3_HUMAN L7RRS6_HUMAN +HS90A_HUMAN Q14342_HUMAN +CRKL_HUMAN SOS1_HUMAN +P85B_HUMAN CRKL_HUMAN +STAM1_HUMAN JAK3_HUMAN +HS90A_HUMAN GCR_HUMAN +Q14342_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN JAK3_HUMAN +SHB_HUMAN PK3CA_HUMAN +CBL_HUMAN PK3CA_HUMAN +CRKL_HUMAN 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b/data/Prolactin/README.md @@ -0,0 +1,6 @@ +# Prolactin + +This directory holds pathway and graphlet files from reconstructing the [NetPath Prolactin pathway](http://netpath.org/pathways?path_id=NetPath_56 "NetPath Prolactin Pathway") from a 30% sample. + +Pathways were generated using [NetBox](http://sanderlab.org/tools/netbox.html "NetBox Homepage") over a parameter sweep of the `p` parameter and are provided in .sif format. + diff --git a/data/Prolactin/pathways/p1e-10.sif b/data/Prolactin/pathways/p1e-10.sif new file mode 100644 index 0000000..0d8c677 --- /dev/null +++ b/data/Prolactin/pathways/p1e-10.sif @@ -0,0 +1,198 @@ +EPOR_HUMAN STA5B_HUMAN +CISH_HUMAN JAK1_HUMAN +PTN11_HUMAN EGFR_HUMAN +PTN2_HUMAN EGFR_HUMAN +PTN11_HUMAN STA5B_HUMAN +PTN6_HUMAN GAB2_HUMAN +Q8IXP2_HUMAN VAV2_HUMAN +CBL_HUMAN LCK_HUMAN +Q8IXP2_HUMAN STA5B_HUMAN +PTN6_HUMAN JAK3_HUMAN +PTN11_HUMAN LCK_HUMAN +ZAP70_HUMAN PTN6_HUMAN +EPOR_HUMAN STAT1_HUMAN +JAK3_HUMAN PTN11_HUMAN +LCK_HUMAN GAB2_HUMAN 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100644 index 0000000..f3fc4d2 --- /dev/null +++ b/data/Wnt/pathways/p9e-8.sif @@ -0,0 +1,59 @@ +CTNB1_HUMAN PLAK_HUMAN +PP1A_HUMAN A5D8W4_HUMAN +AXIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +MACF1_HUMAN WNT1_HUMAN +AXIN1_HUMAN LRP5_HUMAN +WNT1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN FZD1_HUMAN +FZD1_HUMAN LRP6_HUMAN +LRP6_HUMAN MACF1_HUMAN +CTNB1_HUMAN LRP6_HUMAN +APC_HUMAN WNT1_HUMAN +ITF2_HUMAN CTNB1_HUMAN +FZD1_HUMAN MACF1_HUMAN +LRP6_HUMAN DVL1_HUMAN +MESDC2 LRP5_HUMAN +KPCA_HUMAN GSK3A_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN PLAK_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT1_HUMAN +FZD1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN MACF1_HUMAN +AKT1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +APC_HUMAN CTNB1_HUMAN +APC_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN FZD2_HUMAN +WNT1_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +AXIN1_HUMAN APC_HUMAN +DVL1_HUMAN APC_HUMAN +AKT1_HUMAN GSK3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN FZD1_HUMAN +LRP6_HUMAN AXIN1_HUMAN +ITF2_HUMAN PLAK_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN CTNB1_HUMAN +LRP6_HUMAN WNT3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN MACF1_HUMAN +APC_HUMAN PLAK_HUMAN +FZD6_HUMAN WNT4_HUMAN +BCL9_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT3A_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN LRP6_HUMAN +DVL3_HUMAN AXIN1_HUMAN +AXIN1_HUMAN WNT1_HUMAN +PIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT7B_HUMAN +FZD1_HUMAN WNT1_HUMAN +CTNB1_HUMAN WNT1_HUMAN +DVL3_HUMAN CTNB1_HUMAN +DVL1_HUMAN DVL3_HUMAN +AXIN1_HUMAN PLAK_HUMAN +APC_HUMAN MACF1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN CTNB1_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP6_HUMAN +PORCN_HUMAN WNT4_HUMAN +A4D2P1_HUMAN KPCA_HUMAN +AXIN1_HUMAN DVL1_HUMAN diff --git a/data/Wnt/pathways/p9e-9.sif b/data/Wnt/pathways/p9e-9.sif new file mode 100644 index 0000000..d2ba628 --- /dev/null +++ b/data/Wnt/pathways/p9e-9.sif @@ -0,0 +1,49 @@ +CTNB1_HUMAN PLAK_HUMAN +PP1A_HUMAN A5D8W4_HUMAN +AXIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +AXIN1_HUMAN LRP5_HUMAN +WNT1_HUMAN DVL1_HUMAN +AXIN1_HUMAN FZD1_HUMAN +FZD1_HUMAN LRP6_HUMAN +CTNB1_HUMAN LRP6_HUMAN +APC_HUMAN WNT1_HUMAN +ITF2_HUMAN CTNB1_HUMAN +LRP6_HUMAN DVL1_HUMAN +MESDC2 LRP5_HUMAN +KPCA_HUMAN GSK3A_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN PLAK_HUMAN +FZD1_HUMAN DVL1_HUMAN +AKT1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +APC_HUMAN CTNB1_HUMAN +APC_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN FZD2_HUMAN +WNT1_HUMAN WNT3A_HUMAN +DVL1_HUMAN A4D2P1_HUMAN +AXIN1_HUMAN APC_HUMAN +AKT1_HUMAN GSK3A_HUMAN +CTNB1_HUMAN FZD1_HUMAN +LRP6_HUMAN AXIN1_HUMAN +ITF2_HUMAN PLAK_HUMAN +DVL1_HUMAN CTNB1_HUMAN +LRP6_HUMAN WNT3A_HUMAN +APC_HUMAN PLAK_HUMAN +FZD6_HUMAN WNT4_HUMAN +BCL9_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT3A_HUMAN FZD1_HUMAN +APC_HUMAN LRP6_HUMAN +DVL3_HUMAN AXIN1_HUMAN +AXIN1_HUMAN WNT1_HUMAN +PIN1_HUMAN CTNB1_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP6_HUMAN +FZD1_HUMAN WNT1_HUMAN +CTNB1_HUMAN WNT1_HUMAN +DVL3_HUMAN CTNB1_HUMAN +DVL1_HUMAN DVL3_HUMAN +AXIN1_HUMAN PLAK_HUMAN +DVL1_HUMAN APC_HUMAN +WNT1_HUMAN LRP5_HUMAN +A5D8W4_HUMAN CTNB1_HUMAN +I1W660_HUMAN LRP6_HUMAN +A4D2P1_HUMAN KPCA_HUMAN +AXIN1_HUMAN DVL1_HUMAN diff --git a/scripts/makePGDNet.py b/scripts/makePGDNet.py new file mode 100755 index 0000000..48d7dd7 --- /dev/null +++ b/scripts/makePGDNet.py @@ -0,0 +1,47 @@ +import networkx as nx +import sys +import argparse +import os + +""" +Author: Chris Magnano +11/06/19 + +Description: This short script converts networks into a numbered edgelist for use with PGD. +""" +def main(): + #Parse Arguments + parser = argparse.ArgumentParser(description="This script converts a sif or edgelist network file into a format interpretable by the pgd library. The network will be converted to be undirected and have sequential integer node names. Released under the MIT license") + parser.add_argument("networkFile", help="Network sif or edgelist network file to be converted to a format interpretable by pgd. Must be in format readable by networkx.read_edgelist and have at least 4 nodes.") + parser.add_argument("--delim", help="Node delimiter in network file to be passed to the \"delimiter\" argument in networkx.read_edgelist. Default is none, which will use the default whitespace delimeter in networkx.read_edgelist.", default="") + parser.add_argument("--outFile", help="File to store formatted network in. Default is to store the network as NETWORKFILE in a new directory named graphlets.", default="") + args = parser.parse_args() + networkFile = args.networkFile + delim = args.delim + outF = args.outFile + if outF == "": + nameParts = os.path.split(networkFile) + netName = nameParts[1] + outDir = os.path.join(os.path.split(nameParts[0])[0],"graphlets") + if not os.path.isdir(outDir): + os.mkdir(outDir) + outF = os.path.join(outDir,netName) + + #Load Network + if delim == "": + pathway = nx.read_edgelist(networkFile.strip()) + else: + pathway = nx.read_edgelist(networkFile.strip(), delimiter=delim) + pathway = pathway.to_undirected() + if len(pathway) < 4: + print(networkFile, "too short at ",len(pathway),". Network must contain at least 4 nodes.") + return + + #Write Output + nx.write_edgelist(nx.convert_node_labels_to_integers(pathway, first_label=1), outF, delimiter="\t", data=False) + print("Converted "+networkFile+" to "+outF) + return + +main() + + diff --git a/scripts/runNetBoxIL2.sh b/scripts/runNetBoxIL2.sh index 3e143b3..969f78d 100644 --- a/scripts/runNetBoxIL2.sh +++ b/scripts/runNetBoxIL2.sh @@ -1,3 +1,11 @@ -#Example using included IL2 data to run pathway parameter advising and get data +################################################# +# Author: Chris Magnano +# +# 10/29/2019 +# +# Example using included IL2 data to run pathway parameter advising and get data. +# Must be run within scripts directory. +# +################################################# python pathwayParameterAdvising.py --genPathwayGraphlets=../data/IL2/graphletNames.txt --refPathwayGraphlets=../referencePathways/reactomeGraphlets.txt --outFile=il2_ranking.txt --minSize=15 --outputScore --verbose diff --git a/scripts/runPPA.sh b/scripts/runPPA.sh new file mode 100644 index 0000000..e598dbd --- /dev/null +++ b/scripts/runPPA.sh @@ -0,0 +1,70 @@ +################################################# +# Author: Chris Magnano +# +# 11/8/19 +# +# This script takes a directory of network files and calculates their ranking +# using pathway parameter advising and reactome pathways as a set of references. +# +# This script assumes it is being run from within the pathway-parameter-advising repository. +# +# Usage: bash runPPA.sh dataDirectory outputFile pgdDirectory fileDelimeter +# dataDirectory: The directory where the networks are stored as sif or edgelist files +# in a subdirectory named 'pathways'. See Wnt and Prolactin for examples. +# outFile: The output filename for the final parameter ranking. +# pgdDirectory: (Optional) The directory where pgd is installed. If none, pgd will be installed +# using the setupPGD.sh script. +# delim: (Optional) The limiter used for edges in the input network files. Assumed to be +# whitespace. +# +################################################# + +dataDir=$1; +outFile=$2; +pgdDir=$3; +delim=$4; + +homeDir=`git rev-parse --show-toplevel`; + +#Unzip reference pathways if needed +if [[ ! -f "${homeDir}/referencePathways/reactome/R-HSA-109688.gOut" || "`ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut | wc -l`" -lt 1416 ]]; +then + unzip -q ${homeDir}/referencePathways/reactome/reactomeGraphlets.zip -d ${homeDir}/referencePathways/reactome/ +fi + +#Convert networks for PGD +for net in `ls ${dataDir}/pathways/*`; +do + #Convert the file if it doesn't already exist in the graphlets directory + if [ ! -f "${dataDir}/graphlets/${net##*/}" ]; + then + python ${homeDir}/scripts/makePGDNet.py $net --delim=${delim}; + fi; +done; + +#Install PGD if needed +if [ -z "$3" ]; #If no pgd directory provided +then + if [ ! -d "${homeDir}/lib/pgd/" ]; #If pgd isn't in the default directory, install it + then + bash ${homeDir}/scripts/setupPGD.sh; + fi; + pgdDir=${homeDir}/lib/pgd; +fi; + +#Run PGD +for pgdNet in `ls ${dataDir}/graphlets/* | grep -v \'\.gOut$\'`; +do + ${pgdDir}/pgd -f $pgdNet >> ${pgdNet%.*}.gOut; +done; + +#Collect graphletNames into a text file +rm -f ${dataDir}/graphletNames.txt; +ls ${dataDir}/graphlets/*.gOut >> ${dataDir}/graphletNames.txt; + +rm -f ${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt; +ls ${homeDir}/referencePathways/reactome/*.gOut >> ${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt; + +#Run PPA +python ${homeDir}/scripts/pathwayParameterAdvising.py --genPathwayGraphlets=${dataDir}/graphletNames.txt --refPathwayGraphlets=${homeDir}/referencePathways/reactomeGraphlets.txt --outFile=${outFile} --minSize=15 --outputScore --verbose; + diff --git a/scripts/setupPGD.sh b/scripts/setupPGD.sh new file mode 100644 index 0000000..de3c5ec --- /dev/null +++ b/scripts/setupPGD.sh @@ -0,0 +1,23 @@ +################################################# +# Author: Chris Magnano +# +# 11/08/2019 +# +# This script attempts to install the pgd library from github +# in the lib directory. The lib directory is made if none exists. +################################################# + +#Get repository directory and set up lib +homeDir=`git rev-parse --show-toplevel`; +mkdir ${homeDir}/lib; +mkdir ${homeDir}/lib/pgd; + +#Get PGD from github and compile it +git clone https://github.com/nkahmed/PGD.git ${homeDir}/lib/pgd/; +git --git-dir=${homeDir}/lib/pgd/.git checkout 05fef84db271554cc6ff2dbac9964c614e0c7981; +make -C ${homeDir}/lib/pgd/; + +#Test run without saving any output +python ${homeDir}/scripts/makePGDNet.py ${homeDir}/data/IL2/pathways/p5e-2.sif; +${homeDir}/lib/pgd/pgd -f ${homeDir}/data/IL2/graphlets/p5e-2.sif; +rm ${homeDir}/data/IL2/graphlets/p5e-2.sif;