README.md

1ere école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM Niveau 2 (EBAIIn2 2021)

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Du 25-05-2021 au 28-05-2021 en distanciel

Web site

• Web pages: https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/2021/ebaiin2/

From there, you can also find a link to download the whole repository with git.

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Supports de cours

Visualisation en R

Thématique	Intervenant	Lien vers la présentation	Tutoriel
Programme	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]
Packages	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]
dplyr	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]
ggplot2	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]
couleurs	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]
pheatmap	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]
upset	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]
gggenes	Vincent Guillemot	[HTML PDF]	[Lien]

Lien vers les scripts que nous avons écrits pendant la journée R : Lien vers dossier compressé

Lien vers les tutoriels au format R Markdown : Lien vers dossier compressé. Pour générer une version locale du tutoriel, ouvrez le sur Rstudio, installez les packages manquants et cliquez sur "knit".

FAIR

Cours	Intervenants	Supports
Sciences ouvertes et principes FAIR	Thomas Denecker	pdf

ChIP-seq

Cours	Intervenants	Supports
ChIPseq Workshop (Rendu HTML)	Elodie Darbo, Stéphanie Le Gras	html
ChIPseq Workshop (Rmarkdown)	Elodie Darbo, Stéphanie Le Gras	Rmd
Diaporama	Elodie Darbo, Stéphanie Le Gras	Google doc

RNA-seq

Fichier	Intervenant	Lien
Script Rmarkdown vide	Hugo Varet	Rmd
Script Rmarkdown complet	Hugo Varet	Rmd
Rendu HTML	Hugo Varet	HTML
Données	Hugo Varet	ZIP

DNAseq

Fichier	Intervenant	Supports
Introduction et rappel	Nadia Bessoltane	[Slides]
Analyse des variants post-VCF : Jeux de données #1	Nadia Bessoltane	[Rmd] [html]
Analyse des variants post-VCF : Jeux de données #2	Nadia Bessoltane	[Rmd] [html]
Copy Number Alterations	Bastien Job	[pdf] [pptx]
Single Cell (on request)	Bastien Job	[pdf]

Intégration de données

Fichier	Intervenant	Supports
Comparaison outils	Laura Cantini	[Slides]
Présentation Mix*	Jérôme Mariette	[Slides]
MixOmics	Jérôme Mariette	[R 1] [R 2]
MixKernel	Jérôme Mariette	[Slides] [Rmd]